החיסונים לשפעת שנתנו השנה לא היו אפקטיביים במידה מספקת ולא נתנו מענה לכמה תתי-זנים, שגרמו לחלק ניכר מהתחלואה בחורף הזה; כך מדווח הבוקר (יום ג') העיתון "ידיעות אחרונות".

לפי הדיווח, כ-75% מאלו שהגיעו לחדרי המיון השנה בגלל שפעת דווקא חוסנו. תחזית מוקדמת של ארגון הבריאות העולמי לקראת החורף הצביעה על הצורך בחיסון לזנים – H3N2  H1N1, ו-Brisbane/60/2008, אך לפי הדיווח, "רוב מקרי השפעת השנה נבעו כנראה מזנים אחרים ולכן השפעת החיסון הייתה נמוכה יותר יחסית".

מש' הבריאות: "על פי כל המדדים, עונת השפעת השנה הייתה מתונה יחסית והדבר בא לידי ביטוי בהיקף התחלואה הנמוך יחסית"

העיתון מסר, כי יעילות החיסון כפי שנבדקה סטטיסטית לאחר בדיקות מעבדה היתה רק בין 40% ל-60% בשנה, בעוד שחיסון נחשב יעיל ברמה גבוהה כשהזנים הקיימים "מכסים" 100-70% ממקרי התחלואה.

משרד הבריאות מסר בתגובתו לדיווח, כי על פי כל המדדים, עונת השפעת השנה הייתה מתונה יחסית והדבר בא לידי ביטוי בהיקף התחלואה הנמוך יחסית ובמיעוט יחסי של מקרי תמותה משפעת לעומת שנים אחרות. "המדד של בדיקת המעבדה הוא רק אחד מהמדדים להערכת יעילות החיסון – בעוד שעל פי כל המדדים האחרים נראה שהחיסון עומד בציפיות. החיסון שניתן בישראל זהה לזה שניתן בכל מדינות חצי הכדור הצפוני", מסר המשרד לעיתון.

ראש שירותי בריאות הציבור והמשנה למנכ"ל משרד הבריאות, פרופסור איתמר גרוטו, שהתראיין בתכנית הבוקר בערוץ 2, אמר כי על-פי הנתונים שבידי משרד הבריאות היקף התחלואה השנה נמוך משמעותית בהשוואה לשנה שעברה. "בשנה שעברה נפטרו משפעת 70 איש, והשנה נפטרו רק 22, כאשר מספר המתחסנים היה 1.6 מיליון, כמו בשנה שעברה".

פרופסור גרוטו אמר כי תת-זנים אחדים מבין אלו שנתגלו בבדיקות המעבדה, שונים מהזנים שהציבור חוסן אליהם - אך זה איננו מדד יחיד לקביעה אם החיסון היה אפקטיבי או לא. "אנחנו בודקים גם את היקף התחלואה וחומרתה, אבל כל זאת ניתן לעשות רק בסוף החורף. כרגע אין ביכולת משרד הבריאות לקבוע באופן חד משמעי שהחיסון לא היה אפקטיבי. זאת נוכל לדעת בעוד חודשיים-שלושה".

העיתון מסר, כי רופאים שעמם שוחח הביעו את דעתם כי ייתכן שהשנה הזנים היו פחות אלימים ולכן זו הסיבה לתמותה ותחלואה פחותים מאשר בעבר.