ריצוף גנומי משולב של דנ"א ורנ"א מהדור החדש NGSי(next-generation sequencing) מאתר בדיוק רב את כל סוגי השינויים הגנומיים ויוצר פרופיל גנטי בבדיקה אחת של דגימות רקמה ממטופלים עם סוגים שונים של ממאירויות המטולוגיות, על מנת לאתר שינויים גנומיים הרלוונטיים מבחינה טיפולית.

במחקר הנוכחי בוצע ריצוף גנומי משולב, ליצירת פרופיל גנומי לכ-3,700 דגימות של ממאירויות המטולוגיות. 39% מהדגימות היו של מיאלומה נפוצה, 22% של לימפומה מסוג נון-הודג'קין (NHLי), 17% של לוקמיה מיאלואידית (AMLי), 13% של ממאירויות מיאלופרוליפרטיביות ועוד כ-9% ממאירויות המטולוגיות נוספות.

ב-95% מהדגימות אותר לפחות שינוי גנומי אחד וב-77% מהדגימות אותר שינוי גנומי אחד לפחות הקשור לתרופה ממוקדת מטרה הזמינה בשוק או נמצאת בפיתוח קליני. בין השינויים שנמצאו אותו שינויים בגנים הבאים: NRASי, KRASי, DNMTA3י, CDKN2Aי, IDH1/2י, BRAF ו-FLT3.

כ-60% מהמקרים הדגימו לפחות שינוי גנומי אחד המשמש כפקטור פרוגנוסטי. פלטפורמה זו של ריצוף מקיף של דנ"א ורנ"א הצליחה לאתר באופן מדויק ואמין את כל האללים הידועים הקשורים לממאירויות של הדם בבדיקה אחת.

בסה"כ, ב-37% מהדגימות זוהו שחלופים גנומיים. שחלופים אלה התרחשו בגנים המעורבים ב remodeling של כרומטין (20%), בקרת שיעתוק (16%), שפעול אונקוגנים/קינאזות (15%), בקרה על אפופטוזיס (13%), בקרה של מחזור התא (13%) והפסקת ביטוי של tumor suppressorsי(5%), כולל איחויים גנטיים חדשים באתרי מטרה לפעולת התרופות בקינאזות כגון: ALK,י BRAFי, FLT3י, JAK2 ו-ROS1.

בנוסף, זוהו טרנסלוקציות חדשות ב-NOTCH1 וב-NF1, שיכולות להיות רגישות לטיפול במעכבי MEK.

פלטפורמת ריצוף משולבת ומקיפה זו השיגה דיוק אנליטי גבוה באיתור החלפות בסיסים, מוטציות מסוג insertions/deletionsי(indels), שינויים במספר עותקי הגנים ושחלופים/איחויים בין הגנים, בהשוואה לבדיקת דנ"א סטנדרטית. הבדיקה החדשה הכילה 90 גנים חדשים, שלא נכללו בבדיקת הדנ"א הסטנדרטית, הקשורים לסוגים שונים של סרטן הדם.

בנוסף, במחקר זה בוצעה השוואה בין פלטפורמת ריצוף גנטי משולבת זו לבין בדיקות גנטיות מוכרות (כגון FISH, PCR ו-PCR real-time) עבור 76 דגימות, לאיתור 214 שינויים גנומיים מוכרים הקשורים לסוגים שונים של סרטן הדם. נמצאה התאמה של 99% בין שתי הגישות עבור איתור שינויים גנומיים ידועים.

כמו כן, ריצוף מסוג NGS איתר 126 שינויים שלא נכללו בבדיקות הסטנדרטיות עבור סוג הממאירות הספציפי, כולל שינויים גנומיים בעלי השלכה קלינית בגנים KRASי, TET2י, EZH2 ו-DNMT3A. הממצאים החדשים עשויים להוביל לפיתוח תרופות ממוקדות-מולקולרית ולייעל את בחירת הטיפול התרופתי ושיפור הממצאים הקליניים.

ריצוף גנומי מקיף, משולב של דנ"א ורנ"א, הפגין עליונות על פני השיטות הסטנדרטיות, מאחר ומערך זה מספק ממצאים מקיפים יותר בבדיקה יחידה עם אמינות גבוהה. זוהי פלטפורמה המאפשרת שימוש בפרופיל גנומי לצורך שיפור דיאגנוזה וטיפול בחולי הסרטן ולהתאים בצורה מדוייקת יותר טיפולים מותאמים אישית לחולה.

בדיקות גנומיות מקיפות המבוצעות על פלטפורמת NGSי(Next Generation Sequencing) מאפשרות זיהוי והכוונה לטיפולים ממוקדים, מותאמים אישית לחולה הסרטן על סמך מאפייני הגידול הסרטני הספציפי. בדיקת FoundationOne סורקת בו זמנית 315 גנים שונים הקשורים לסרטן ומזהה את כל סוגי השינויים הגנטיים שהתרחשו בגידול, אשר עשויים להיות המניע לגדילתו.

הבדיקה תוקפה במבחן תיקוף רחב היקף ונתמכת ע"י מאגר המידע הנרחב של חברת Foundation Medicine, המבוסס על יותר מ-100,000 מקרים. פרטים נוספים על בדיקות גנומיות ורפואה מותאמת אישית.

מקור:
Integrated Genomic DNA/RNA Profiling of hematologic Malignancies in the Clinical Setting Jie He et al. Blood. 2016 Jun 16;127(24):3004-14.